學(xué)霸的科幻世界 第四百章 動(dòng)態(tài)APT

龐學(xué)林淡淡一笑，他倒沒有阿什福德那般失望，這份檢測(cè)報(bào)告的出爐，反而讓他下定決心確定了接下來的研究方向。

龐學(xué)林出聲道：“我個(gè)人檢測(cè)報(bào)告的事先放一邊吧，接下來我們最主要是做好兩方面的工作。第一，我們必須搞清處艾麗絲體內(nèi)的T病毒為什么會(huì)轉(zhuǎn)變?yōu)镋RV序列，找出這中間生物化學(xué)上的原理，我會(huì)說服艾麗絲配合你們的研究工作。至于另一個(gè)方向，就是對(duì)非編碼RNA的研究……”

“非編碼RNA？”

斯普魯斯等人一臉驚訝。

非轉(zhuǎn)錄RNA涉及到如何控制T病毒的問題，這半年來實(shí)驗(yàn)室主要研究T病毒如何加速人體細(xì)胞的代謝速度以及一系列生化反應(yīng)機(jī)理的問題，并沒有在如何抑制T病毒方面有所作為。

龐學(xué)林也沒告訴眾人非編碼RNA的事。

龐學(xué)林微笑道：“對(duì)于T病毒的研究，我們除了搞清楚它侵入人體的途徑并且產(chǎn)生的一系列危害外，我們也需要找到抑制這種病毒的辦法。大家都應(yīng)該知道RNA干擾導(dǎo)致的基因沉默現(xiàn)象，從某種意義上說，基因沉默現(xiàn)象很可能是生物體進(jìn)化過程中用來抵御轉(zhuǎn)座子或者RNA病毒的一種防御機(jī)制，是生物體使用的一種古老的抗病毒策略，我覺得想要抑制T病毒，甚至消滅T病毒，我們可以考慮從這方面入手。而RNA干擾又與非編碼RNA有著密不可分的聯(lián)系，所以我們未來一段時(shí)間內(nèi)，主要工作就是盡可能找出人體內(nèi)的非編碼RNA彼此之間以及與蛋白質(zhì)之間的相互作用，我們分別以健康人、喪尸、艾麗絲以及我自己的健康細(xì)胞作為研究對(duì)象。”

斯普魯斯和柏克萊對(duì)視了一眼，柏克萊沉吟片刻，點(diǎn)頭道：“這個(gè)想法很好。不過這里面存在很大的問題。”

“什么問題？”

龐學(xué)林有些好奇道。

柏克萊道：“想要研究非編碼RNA在細(xì)胞內(nèi)與其他非編碼RNA以及蛋白質(zhì)之間的相互作用，我們就必須對(duì)蛋白質(zhì)有一個(gè)非常深入的認(rèn)知。特別是蛋白質(zhì)的動(dòng)態(tài)性與其內(nèi)在功能的聯(lián)系，必以我們目前實(shí)驗(yàn)室內(nèi)的儀器，恐怕很那做到。”

“就拿蛋白質(zhì)來說，雖然自二十世紀(jì)中期，血紅蛋白的晶體結(jié)構(gòu)被解析以來，我們已經(jīng)知道了很多蛋白質(zhì)及其復(fù)合物的空間結(jié)構(gòu)，。特別是近年來，隨著結(jié)構(gòu)解析方法學(xué)的發(fā)展，特別是結(jié)構(gòu)基因組學(xué)的興起，我們可以通過晶體衍射、核磁共振、冷凍電鏡等手段，大幅度加快了解析蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)速度。”

“但是迄今為止，我們依然無法從蛋白質(zhì)的一級(jí)序列去推斷它的三維結(jié)構(gòu)，更不能準(zhǔn)確預(yù)測(cè)它的生物學(xué)功能，甚至在已知三維條件下也很難做到準(zhǔn)確地認(rèn)識(shí)蛋白質(zhì)的功能。原因很簡(jiǎn)單，我們?nèi)鄙賹?duì)蛋白質(zhì)時(shí)間維度的了解。蛋白質(zhì)是具有一定空間結(jié)構(gòu)的實(shí)體，其三維性質(zhì)，如我們所熟知的疏水袋、套裝環(huán)等，與它的生物功能緊密相關(guān)。”

“然而，在溶液中，蛋白質(zhì)處于不斷地運(yùn)動(dòng)和變化狀態(tài)，在活細(xì)胞內(nèi)，蛋白質(zhì)又要經(jīng)過折疊、修飾、轉(zhuǎn)運(yùn)和組裝成復(fù)合物的過程。這種運(yùn)動(dòng)的時(shí)間尺度隨不同蛋白質(zhì)、同一蛋白質(zhì)在不同環(huán)境、同一蛋白質(zhì)的不同部位各不一樣。例如，通常酶的活性部位的運(yùn)動(dòng)性比較大，而二級(jí)結(jié)構(gòu)部位則較為剛性。因此，同蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)一樣，蛋白質(zhì)的動(dòng)態(tài)學(xué)特征在決定蛋白質(zhì)功能的過程中具有同等重要的作用。”

“因此，我們必須具備在原子水平上實(shí)時(shí)觀察蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)變化的能力，然而由于結(jié)構(gòu)研究方法的局限性，我們目前只能拍到蛋白質(zhì)在某個(gè)瞬間的圖景。然而事實(shí)上，溶液中的蛋白質(zhì)并不像晶體結(jié)構(gòu)中所描述的那樣，只具備一個(gè)靜態(tài)結(jié)構(gòu)，而是包含了一個(gè)動(dòng)態(tài)的過程。從物理學(xué)的觀念上看，蛋白質(zhì)在熱運(yùn)動(dòng)的作用下，在平衡結(jié)構(gòu)附近存在著一個(gè)巨大的構(gòu)象組合，就是構(gòu)象簇。正是這種構(gòu)象簇，實(shí)現(xiàn)了蛋白質(zhì)與配體結(jié)合強(qiáng)度以及模式的多樣性。”

“對(duì)于這些構(gòu)象簇如何與其他蛋白相互識(shí)別，如酶與底物的識(shí)別，我們還缺乏明確的認(rèn)識(shí)。另外，真核生物體內(nèi)蛋白質(zhì)翻譯后，經(jīng)歷肽鏈折疊、各種修飾、跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)、配體作用和降解過程等等，這些過程又將如何影響蛋白質(zhì)的動(dòng)態(tài)構(gòu)象，從而調(diào)控生物功能呢？而且蛋白質(zhì)的時(shí)間運(yùn)動(dòng)尺度很寬，從化學(xué)鍵的振動(dòng)，側(cè)鏈基團(tuán)的旋轉(zhuǎn)，到主鏈的運(yùn)動(dòng)，結(jié)構(gòu)域的蠕動(dòng)以及整個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的翻轉(zhuǎn)等等，這個(gè)過程囊括了從飛秒到千秒的一個(gè)很寬的時(shí)間尺度，因此，我們想要在實(shí)驗(yàn)室內(nèi)觀察到蛋白質(zhì)原子水平的實(shí)時(shí)運(yùn)動(dòng)，還有一定的難度。”

龐學(xué)林好奇道：“用核磁共振技術(shù)不行嗎？我記得通過常規(guī)馳豫實(shí)驗(yàn)技術(shù)可以觀察到皮秒到納秒的蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)，CPMG馳豫離散技術(shù)、順磁馳豫增強(qiáng)等技術(shù)手段可以觀察到蛋白質(zhì)微秒到毫秒尺度的運(yùn)動(dòng)，結(jié)合氫氘交換等方法還可以檢測(cè)到秒到千秒這個(gè)尺度的運(yùn)動(dòng)……”

柏克萊搖了搖頭，苦笑道：“龐教授，您只知其一，不知其二，雖然我們目前已經(jīng)認(rèn)識(shí)到了蛋白質(zhì)分子通過它局部的一些原子在快時(shí)間尺度下的熱平衡漲落來完成慢時(shí)間尺度下的運(yùn)動(dòng)，甚至于我們可以知道蛋白質(zhì)的某些原子在某些時(shí)間尺度中的運(yùn)動(dòng)狀態(tài)，但這種觀察還相當(dāng)有限，對(duì)于從整體上研究蛋白質(zhì)的動(dòng)態(tài)性依舊屬于杯水車薪。如今我們只能利用分子模擬技術(shù)，研究蛋白質(zhì)分子從微秒到納秒的精確運(yùn)動(dòng)狀況，結(jié)合一些假設(shè)和簡(jiǎn)化技術(shù)甚至可以模擬更長(zhǎng)時(shí)間尺度的運(yùn)動(dòng)。但是這種方法只能讓我們得到一定數(shù)目蛋白質(zhì)的整體平均特征，對(duì)于單個(gè)蛋白質(zhì)分子如何運(yùn)動(dòng)的問題還知之甚少……”

龐學(xué)林不由得皺了皺眉，他倒沒想到，竟然還存在著這樣的問題。

可是也不應(yīng)該啊，以保護(hù)傘公司所展現(xiàn)的水平，他們既然能在始祖病毒的基礎(chǔ)上搞出類似T病毒這樣的東西，不可能不去研究單個(gè)蛋白質(zhì)分子的動(dòng)態(tài)性問題，他們是怎么做到的？

他將目光從柏克萊身上移開，對(duì)上了坐在角落里，始終一言不發(fā)的阿什福德。

阿什福德朝龐學(xué)林搖了搖頭，意思是現(xiàn)在不方便說。

龐學(xué)林道：“既然如此，那這個(gè)就先放一邊吧，阿什福德博士，你跟我來一下，我有點(diǎn)事找你。”

很快，眾人相繼離開了實(shí)驗(yàn)室，龐學(xué)林也帶著阿什福德來到了自己的辦公室內(nèi)。

龐學(xué)林道：“阿什福德博士，剛才柏克萊教授所說的問題，保護(hù)傘公司是怎么解決的？”

阿什福德苦笑道：“保護(hù)傘公司內(nèi)部的各種尖端實(shí)驗(yàn)儀器以及設(shè)備要比外界高出一大截，我們?nèi)绻胍獜脑映叨妊芯糠蔷幋aRNA以及它與蛋白質(zhì)之間的關(guān)系，恐怕還得在實(shí)驗(yàn)室內(nèi)添加一臺(tái)動(dòng)態(tài)APT才行。”

“動(dòng)態(tài)APT？”

龐學(xué)林有些不解地看著阿什福德。

阿什福德奧：“所謂APT，就是材料學(xué)中的原子探針層析技術(shù)，它可以確認(rèn)原子種類并直觀地重構(gòu)出其空間位置，相對(duì)真實(shí)地顯示材料中不同元素原子的三維空間分布，成為空間分辨率最高的一種分析測(cè)試手段。而動(dòng)態(tài)APT，就是通過這樣一種探針來實(shí)時(shí)觀察蛋白質(zhì)分子的運(yùn)動(dòng)，這種設(shè)備，只有保護(hù)傘公司才有。”

龐學(xué)林微微一愣，有些哭笑不得，沒想到自己想要研究干掉T病毒的方法，儀器設(shè)備還需要從保護(hù)傘公司獲取支持。

“不過，應(yīng)該怎么才能讓斯賓塞心甘情愿地送一臺(tái)動(dòng)態(tài)APT給我呢？”

龐學(xué)林皺眉沉思。

就在這時(shí)，辦公桌上的電突然響了起來。

龐學(xué)林拿起電話。

電話那頭傳來克萊爾聲音：“龐教授，保護(hù)傘公司來了一個(gè)叫做阿爾伯特·威斯克的人，他說想要見你。”

龐學(xué)林微微一愣，連忙起身道：“好，我馬上回地面。”

“怎么了？”

阿什福德好奇道。

龐學(xué)林笑了起來，說道：“阿爾伯特·威斯克來了，說不定我很快就能解決動(dòng)態(tài)APT的問題了。”

從實(shí)驗(yàn)室返回地面，龐學(xué)林徑直前往停機(jī)坪。

如今的肯普滕基地，相比于半年前，又有了不小的變化。

基地內(nèi)的活動(dòng)板房以及水電網(wǎng)暖等建設(shè)都已經(jīng)完成。

電力設(shè)施主要依托于保護(hù)傘公司提供的一種小型移動(dòng)式熔鹽核反應(yīng)堆，相當(dāng)于一個(gè)小型的和充電寶，可以完全滿足肯普滕基地內(nèi)萬余人的生活需求。

基地周圍的防御墻建設(shè)也已經(jīng)進(jìn)入尾聲，防御墻包圍的面積大概在2.5平方公里左右，生活區(qū)只占據(jù)基地總面積的五分之一，剩下的區(qū)域，基本上都是以農(nóng)田以及牧場(chǎng)為主。

學(xué)校，警局，醫(yī)院等公共服務(wù)單位也重新啟動(dòng)。

此外，基地內(nèi)還有公共食堂、公共澡堂等設(shè)施。

按照龐學(xué)林他們的規(guī)劃，一年后，基地內(nèi)基本上達(dá)到自給自足，屆時(shí)可以完全脫離對(duì)保護(hù)傘公司的依賴。

這時(shí)，停機(jī)坪上，克萊爾正安排人手從直升機(jī)上卸載貨物。

一個(gè)看起來二十來歲，戴著墨鏡，頭發(fā)梳的一絲不茍的男子正在一旁耐心等候。

看到龐學(xué)林走過來，男子將目光轉(zhuǎn)向龐學(xué)林，眼中帶著審視的意味。

龐學(xué)林伸出手，微笑道：“阿爾伯特先生，我是龐學(xué)林。”

“龐先生，您好，我是阿爾伯特·威斯克，受斯賓塞先生委托，過來看一下肯普滕基地的情況。”

阿爾伯特和龐學(xué)林握了握手，淡淡道。

“果然是他！”

龐學(xué)林心中暗道，表面上卻不動(dòng)聲色，說道：“阿爾伯特先生，歡迎來到肯普滕基地，需要我先帶你參觀一下基地。”

斯賓塞的三大手下，阿歷克斯·威斯克、阿爾伯特·威斯克以及威廉·柏金，威廉·柏金以及和馬斯庫(kù)攪和在了一起，阿歷克斯·威斯克又一直待在斯賓塞的身邊，從某種意義上說，阿爾伯特·威斯克算得上是保護(hù)傘公司內(nèi)的二號(hào)人物。

阿爾伯特道：“龐教授，基地就不用參觀了，剛才在飛機(jī)上我已經(jīng)大概看了一下，今天我代表斯賓塞先生過來，主要為了兩件事。第一件，當(dāng)初你和斯賓塞先生談合作，條件是在T病毒的基礎(chǔ)上開發(fā)新一代病毒，我想知道那種病毒的開發(fā)工作進(jìn)展到哪一步了。另一方面，我這次過來，希望能從你身上采集部分血液以及細(xì)胞樣本，上次從你身上拿到的樣本已經(jīng)用完了。”

龐學(xué)林微微一愣，臉上露出一絲無奈的神色，說道：“采集標(biāo)本沒什么問題，至于在新病毒的研發(fā)上，我們遇到了一些問題。”

“什么問題？”

阿爾伯特道。

龐學(xué)林道：“阿爾伯特先生，想必保護(hù)傘公司的研發(fā)部門已經(jīng)檢測(cè)過我身上的ERV序列了，你們應(yīng)該沒有從上面找到與T病毒的同源序列信息吧？”

阿爾伯特點(diǎn)了點(diǎn)頭。

他今天過來，主要就是為了這個(gè)問題。

當(dāng)初龐學(xué)林與斯賓塞合作，斯賓塞寄希望于從龐學(xué)林身上得到全新的進(jìn)化方向，還從龐學(xué)林身上抽取了血液標(biāo)本。

結(jié)果保護(hù)傘公司的科學(xué)家們對(duì)龐學(xué)林的基因序列進(jìn)行了深入研究后，卻壓根就沒能從龐學(xué)林身上找到任何與T病毒相關(guān)的同源信息。

這就有些麻煩了。

要知道不管是斯賓塞、威斯克、馬斯庫(kù)甚至于艾麗絲，他們感染了T病毒之后，體內(nèi)的ERV中基本上都檢測(cè)出了T病毒的同源序列，斯賓塞還指望著從龐學(xué)林身上找到類似的序列，然后參考龐學(xué)林的ERV序列，找到T病毒的改進(jìn)方向。

誰想到龐學(xué)林的ERV序列與他們完全不同。

這就比較麻煩了。

因?yàn)槿梭w內(nèi)的ERV序列成千上萬，誰也不知道哪一段有用，哪一段沒用。

保護(hù)傘公司的科學(xué)家們想要從龐學(xué)林的ERV序列中篩選到有用的信息，不花個(gè)十年八年，基本上不太可能。

斯賓塞可等不了那么久，既然保護(hù)傘公司內(nèi)部的科學(xué)家做不到，他只好將希望寄托在龐學(xué)林身上，這也是他派阿爾伯特·威斯克過來找龐學(xué)林的主要原因。